با توجه به جایگاه بنیادی اندیشه مهدویت در منظومه معارف اسلامی، این تفکر از همان قرن اول اسلامی مورد تحریف و سوء استفاده قرار گرفته و در طول تاریخ همواره مورد هجمه مخالفان بوده است.
میتوان شبهات وارد بر بحث مهدویت را در یک تقسیم کلان از حیث هدف به دو دسته تقسیم کرد:
شبهاتی برای انکار اصل مهدویت یعنی انکار ظهور منجی در آخرالزمان
این دست از شبهات بیشتر مربوط به خدا ناباوران و بعضی از مستشرقین است که با هدف قرار دادن ظهور منجی در آخر الزمان سعی در تخریب ریشه باورهای دینی و توحیدی دارند چرا که اصل باور به منجی در تمام ادیان ابراهیم امری مسلم است.
برای شناخت این دست از شبهات و پاسخ های آن ها به مقالات زیر مراجعه کنید:
شبهاتی مربوط به مهدی های دروغین
در این قسم اصل باور به ظهور منجی امری مسلم تلقی شده است لکن در بعضی از ضوابط و مصادیق آن به خطا رفته اند که صد البته این خطا های عمدی یا غیر عمدی در طول تاریخ خسارات بزرگی را بر مسیر هدایت بشر وارد کرده است.
از همان قرن نخستین که فرقه کیسانیه با باور به امامت محمد بن حنفیه به وجود آمدند تا امروز ها که فرقه های بابیت و بهایت که در زمان معاصر متولد شدند و همچنان فعالانه در پی جذب افراد هستند، سعی بر سوء استفاده از باور مهدویت دارند تا به مقاصد دنیوی خود دست یابند.
جهت شناخت فرقه های انحرافی و باور های آن مقالات زیر را مطالعه بفرمایید:
به نظر نشناختن صحیح امام علیه السلام علت اصلی فریب خوردن مردمان به سبب این فرقه ها و جریان های انحرافی است چرا که بعد از بررسی اشخاص فریب خورده به این نکته پی می بریم که به هیچ عنوان شناخت صحیح از باور مهدویت نداشته اند و به همین جهت است که در روایات ما شناخت صحیح امام را از مهمترین وظایف زمان غیبت شمرده اند چرا که بدون آن امکان ثبات قدم در راه ولایت وجود ندارد.
و در مرتبه بعدی دنیا طلبی یعنی سوء استفاده از باورهای دینی برای کسب دنیا موجب پیروی از این فرقه های انحرافی است که در کلامی کم نظیر از حیث ایجاز و معنی امام علی بن الحسین سلام الله علیهما فرمودند:
حُبُّ الدُّنْيَا رَأْسُ كُلِّ خَطِيئَة
محبت دنیا اصل همه ی گناهان می باشد.
برای این که با نحوه عملکرد مدعیان دروغین مهدویت بیشتر آشنا بشوید به مقالات زیر مراجعه کنید:

حکایت درب های مدینه در ایام شهادت حضرت زهرا سلام الله علیها

ر میان توقیعاتی که از امام زمان عجل االله تعالی فرجه الشریف به شیعیان رسیده است، توقیعاتی وجود دارند که درباره مسائل اعتقادی و امور مربوط به وکلا و اداره جامعه شیعیان هستند.

بخشی از توقیعاتی که از امام زمان عجل الله تعالی فرجه الشریف آمده است، توقیعات در مسائل فقهی است. این توقیعات در پاسخ به سوال های فقهی برخی از اصحاب وشیعیان آن زمان، بیان شده است. پرسشهايى كه همانند دورههاى امامان پيشين عليه السلام براى شيعيان پديد مىآمده است.

تطابق تکوین و تشریع: آیه ۸۳ سوره آلعمران تأکید دارد که انسان باید به اختیار خود تسلیم همان شریعتی شود که تمام هستی تکویناً تحت سلطه آن است تا به سعادت برسد.

بر اساس روایت امام صادق(علیه السلام)، این آیه اشاره به پیمان خداوند با همه پیامبران دارد مبنی بر اینکه در دوران رجعت به دنیا بازگردند تا به پیامبر (صلی الله علیه وآله) و امیرالمؤمنین(علیه السلام) ایمان آورده و ایشان را یاری کنند.

شیعه و اهل سنت باور دارند که عیسی مسیح سلام الله علیه کشته نشده و نزد خداوند زنده می باشد
شیعه و اهل سنت باور دارند که او در قیام امام زمان سلام الله علیهما همراه ایشان خواهد بود.
بر اساس نصوص روایی متعدد از فریقین، ایشان قاتل دجال هستند یا لا اقل در قتل او نقش پر رنگی دارند.

توقیعات، سخنان مکتوب امام زمان(عج) در پاسخ به پرسشها و درخواستهای شیعیان است که در دوران غیبت صغری (از طریق نواب اربعه) به مردم میرسید. حدود ۱۰۰ توقیع از ایشان بهجا مانده که بیشتر در دوره نیابت دوم و سوم صادر شده است. برای اعتبارسنجی این نامهها، سه روش بهکار میرفته: بررسی زنجیره راویان در منابع معتبری چون کمالالدین و الغیبه، هماهنگی محتوا با اصول مسلم دینی، و مهمتر از همه خطشناسی؛ زیرا شیعیان با خط امام عسکری(ع) آشنا بودند و توقیعات امام زمان(عج) نیز با همان خط (یا خطی بسیار شبیه) نوشته میشد که امکان جعل را از بین میبرد.

علی بن محمد سمری، چهارمین و آخرین نایب خاص امام زمان(عج) بود. او از خاندانی متدین و از اصحاب خاص امام حسن عسکری(ع) به شمار میرفت و با تصریح حسین بن روح (نایب سوم) به این مقام منصوب شد. دوران سهساله نیابت او با شدیدترین اختناق عباسیان همراه بود. شش روز پیش از وفاتش در سال ۳۲۹ ق، توقیعی از سوی امام زمان(عج) صادر شد که هم خبر از درگذشت قریبالوقوع او میداد و هم اعلام میداشت که پس از وی نایب خاصی نخواهد آمد و دوران غیبت کبری آغاز میشود. پیکر او در نزدیکی مسجد براثای بغداد به خاک سپرده شده است.